1. 植物名。《說文解字．艸部》：「菌，地蕈也。」《莊子．逍遙遊》：「朝菌不知晦朔，蟪蛄不知春秋，此小年也。」漢．枚乘〈七發〉：「中鬱結之輪菌，根扶疏以分離。」漢．張衡〈思玄賦〉：「漱飛泉之瀝液兮，咀石菌之流英。」唐．韓偓〈小隱〉詩：「靈椿朝菌由來事，卻笑莊生始欲齊。」

2. 體積極微小單細胞生物「細菌」之簡稱。如：「葡萄球菌」、「桿菌」。